識別區(qū)域的選擇原則一般說來最理想的抗原性識別區(qū)域應(yīng)具備親水、位于蛋白表面和結(jié)構(gòu)上易變形性等特點。既要考慮其免疫原性、特異性，還需考慮其合成難度等。通常有以下幾點建議：

1、序列長度在8-20個氨基酸殘基之間（如果太短，就有多肽太特殊、所產(chǎn)生的抗體與天然蛋白之間的親和力（結(jié)合能力）不夠強的風(fēng)險，同樣，如果序列長度超過20，將有可能引入二級結(jié)構(gòu)，所產(chǎn)生的抗體失去特異性的可能，而且肽鏈越長，通常合成難度增大，不易獲得高純度的產(chǎn)品）；

2、盡可能是在蛋白表面；

3、保證該段序列不形成α-helix；

4、N，C端的肽段比中間的肽段更好；避免蛋白內(nèi)部重復(fù)或接近重復(fù)段的序列；

5、避免同源性太強的肽段；

6、交聯(lián)可以交聯(lián)在N，C兩端，選擇依據(jù)就是交聯(lián)在對產(chǎn)生抗體不太重要的一端；

7、序列中不能有太多的Pro，但有一兩個Pro有好處，可以使肽鏈結(jié)構(gòu)相對穩(wěn)定一些，對產(chǎn)生特異性抗體有益。